AKPPM është themeluar në vitin 1999, fillimisht me emërtimin “Autoriteti për Rregullativ të Barnave i Kosovës” (ARBK), kurse në bazë të udhëzimit administrativ 7/2000 i 23 Marsit të vitit 2000 u bë ekzistimi legal i saj si Agjenci Ekzekutive e Ministrisë së Shëndetësisë së Kosovës. Më vonë, baza ligjore e AKPM-së u rregullua me Ligjin nr 2003/26 i ndryshuar në vitin 2010 me Ligjin 03/L 188 për produkte dhe Paisje Medicinale, i cili ka hyrë në fuqi më 15 nëntor të vitit 2010.
Rregullat, detyrat dhe përgjegjësitë e AKPPM-së lidhur me prodhimin, importin, eksportin, mbikëqyrjen, etj. të produkteve dhe pajisjeve medicinale përcaktohen saktë në bazë të Ligjit për Produkte dhe Pajisje Medicinale, të aprovuar nga Kuvendi i Republikës së Kosovës më 7 Prill 2014.
Misioni i AKPPM është mbrojtja e shëndetit publik nëpërmjet garantimit të cilësisë, sigurisë dhe efikasitetit të produkteve medicinale të plasuara në Kosovë.